Nació en un clan de samuráis (Morioka, 1 de septiembre de 1862 + 15 de octubre de 1933). Su bisabuelo fue un estratega militar y practicó varias artes marciales al igual que el padre de Nitobe, que enseñó a su hijo las técnicas del kenjutsu, jiujitsu y sōjutsu. Estudió en una Escuela de Agricultura (en Sapporo), Relaciones Internacionales (en Tokio), en la Universidad Johns Hopkins (Estados Unidos) y en varias universidades alemanas. Cuando enfermó a la edad de 37 años, escribió su obra más conocida Bushidō: the soul of Japan (Bushidō: el alma del Japón).
Escrito en inglés y publicado en Estados Unidos en 1905, el libro de Nitobe describe el código de conducta no escrito que gobernaba la vida de los nobles de Japón en la época feudal: las virtudes y estilo de vida del guerrero samurái. El libro fue escrito para contestar de una vez por todas a las preguntas de su esposa y amigos no japoneses acerca de cómo se impartían en su país la educación moral y las virtudes. Nitobe, cuya efigie aparecía en los anteriores billetes de 5000 yenes, fue uno de esos hombres de gran temple que dejan huella: cristiano, escritor prolífico, educador, diplomático y político. Supo elucidar los conceptos de rectitud, coraje, benevolencia, cortesía, veracidad, honor y lealtad, de tal manera que cautivó, y sigue haciéndolo, no sólo a los extranjeros sino también a sus compatriotas. Desde su aparición ha tenido numerosas reediciones y últimamente ha tenido un papel principal con ocasión de las discusiones acerca de la nueva Ley Fundamental de Educación de Japón.
En los años treinta intentó mediar entre Estados Unidos y Japón y contribuir a la distensión de las relaciones entre los dos países. En 1920 fue nombrado subsecretario de la Sociedad de Naciones, en calidad de lo cual tomó parte en el Congreso Mundial del Esperanto de 1921 y presentó a la Asamblea de la Sociedad de las Naciones un informe sobre el estado del esperanto en el mundo.
